Le Conseil provincial des Jeunes organise en son sein des commissions qui ont pour objectif de débattre sur les thèmes définis en séance plénière. Le CPJ détermine le nombre et les compétences des commissions.  Chaque commission élit en son sein un Président, un Rapporteur et un Secrétaire, chargés de rédiger le procès-verbal des réunions, d'informer le Conseil de la teneur des débats et de l'avancée des projets.
Chaque commission se réunit en présence d'un accompagnateur chargé d'éclairer, de conseiller, de fournir des informations sur les sujets traités. Il peut également être fait appel à toute personne pouvant apporter, en fonction de sa spécialité, une aide à la réalisation d'un projet. En sa séance plénière du 24 octobre 2009, le CPJ a décidé de supprimer la 3ème Commission (Mobilité - Sécurité - Sports & Loisirs - Santé - Prévention Santé) et de répartir ses membres dans les deux commissions restantes. | 
